据汉文和藏文史料记载，在清代，除了达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世系统外，还相继出现了统管喀尔喀政教事务的蒙古哲布尊丹 巴活佛转世系统和统管蒙甘青藏区宗教事务的章嘉活佛转世系统。此外，还有第穆、帕巴拉、嘉木样、热振等全藏著名的活佛转世系统。清乾隆年间，在理藩院正式注册得到承认的呼图克图大活佛就有148位，到清末又增至160位。西藏主要的活佛除达赖喇嘛、班禅额尔德尼外，还有策墨林活佛、功德林活佛、丹杰林活佛、热振活佛、第穆活佛等。

    乾隆末年，清朝政府在整饬、改革西藏行政管理体制的过程中，加强了对大喇嘛的管理，规定了大活佛转世灵童的认定办法，设立了金瓶掣签制度。

    自乾隆皇帝制定金瓶掣签制度直至辛亥革命推翻清王朝的一百多年中，除九世和十三世达赖喇嘛是作为特例免予掣签外，十世、十一世、十二世达赖喇嘛和八世、九世班禅额尔德尼都是经过金瓶掣签认定的。据清理藩院秘档，到光绪三十年（1904年），仅西藏地区据不完全统计就有39位主要活佛转世系统（含达赖、班禅系统）的灵童举行过金瓶掣签。这些灵童涉及格鲁派、噶举派、宁玛派等。

    确定达赖、班禅转世呼毕勒罕的金瓶掣签的程序和仪注有以下几点共同之处：

    1．在清朝皇帝任命的摄政活佛或总管扎什伦布寺事务的扎萨克喇嘛主持寻访灵童后，由摄政召集僧俗官员会议，确定三名（或二名、四名）呼毕勒罕候选人，将详细情形向驻藏大臣禀报，请求转奏皇帝批准举行金瓶掣签。

    2．在皇帝御批同意后，将确定的呼毕勒罕候选人及其亲属和师傅等接到拉萨，并经驻藏大臣和摄政、各大呼图克图看验，认为确有灵异后，方能举行掣签。

    3．在掣签前将金本巴瓶从大昭寺迎到布达拉宫供有乾隆皇帝的僧装画像（圣容）和皇帝万岁牌位的萨松南杰殿，由大呼图克图率三大寺及布达拉宫南杰扎仓僧众（确定班禅转世呼毕勒罕时还有扎什伦布寺僧人）诵经祈祷七天或九天。

    4．掣签之日，驻藏大臣和各大呼图克图、僧俗官员集会，用满文和藏文书写名签，核对无误后，由一名驻藏大臣封签（用黄纸包裹），放入金瓶中。

    5．由在场的呼图克图及高僧等诵咒祈祷，由另一名驻藏大臣摇动金瓶，然后掣出一签，当众宣读掣中者名字，并交给在场藏汉官员传阅，然后还要取出未掣中的名签传阅，以示书写及掣出的名签真实无欺。掣签后即派人去呼毕勒罕住处报信祝贺。

    6．掣签的情形和结果由驻藏大臣上奏皇帝，得到皇帝批准后，向呼毕勒罕宣读圣旨，才算完成金瓶掣签的全部程序。

    7．经皇帝批准并派大员主持，举行坐床典礼（达赖喇嘛在布达拉宫，班禅额尔德尼在扎什伦布寺），活佛转世灵童的寻访、认定、继位事务才最后结束。金瓶掣签制度是清朝中央政府整饬、改革西藏行政管理体制，确立系统治藏法规中的一项重要内容，是管理大活佛的一项关键措施。它既符合政治手续、法律手续，也符合宗教手续；既体现了中央政府的权威，又体现了西藏地方隶属于中央政府管辖的历史事实；有利于维护和稳定蒙藏地区的社会局势，安定边疆，团结宗教上层人物和广大僧俗群众。